本课题拟构建大白猪、长白猪和杜洛克3个猪种的繁殖性状，生长性状和肉质性状的3 个参考群。利用三维基因组学新技术和高效Hi-ChIP(High-Throughput Chromatin Immunoprecipitation),识别转录调控元件，整合比较基因组分析策略，应用多组学信息挖掘 等技术，并联合公共数据库猪群体全基因组关联结果，筛选多态性高并具有确定遗传效应和 选择潜力的SNP位点，开发猪种专属的全基因组高密度芯片；利用分块矩阵计算和并行加速 等技术，提升全基因组选择方法的计算效率；利用生物学先验信息，提升全基因组选择的准 确率，构建基于混合参考群的基因组选择新方法，搭建猪基因组选择育种体系，建立猪基因 组选择技术平台。解决常规选择方法对测定困难的肉质性状、饲料利用率性状和遗传力低的 繁殖性状等选择效率低及基因组选择体系构建问题，加快肉质、饲料转化效率等难测定性状 的遗传进展，完善基因组选择体系，为猪产业高质量发展提供技术支撑。