中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室于2008年通过中国科学院评估，成为中国科学院重点实验室。重点实验室依托中国科学院亚热带农业生态研究所，始建于2003年12月，为湖南省与中国科学院共同建设的重点实验室，同时挂农业生态工程湖南省重点实验室的牌子。

　　重点实验室现任主任为谢永宏研究员，学术委员会主任为傅伯杰院士。在依托单位“人才战略计划”的大力支持下，实验室的人才队伍建设取得显著的阶段性成果。实验室现有固定人员120人，拥有研究人员99人，技术人员20人，财务1人。固定人员中正高级40人，副高级59人。拥有院士1人，杰青1人，国家“百千万人才工程”第一、二层次人选2名，优青2人。现有流动人员315人，其中特聘研究助理13人，博士后12人，在读研究生290名，其中我所独立培养研究生170名（博士研究生93名，硕士研究生77名），联合培养研究生120名。另外实验室还聘请了国内外10名杰出专家作为本实验室客座研究员，开展合作研究。

　　实验室设立亚热带农田生态系统过程、亚热带农牧复合生态系统过程和亚热带农业生态系统功能及其调控机理3个研究方向。研究内容包括亚热带三大类型区农业生态系统格局、关键物质循环调控与区域农业资源高效利用优化模式、区域退化农业生态系统修复与农业资源高效利用关键技术、水稻和玉米等作物耐逆境胁迫的分子生态学机理与杂种优势利用、农业动物高效优质生产模式及环境安全控制技术等重点领域。

　　实验室目前拥有稳定性同位素比质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、电感耦合等离子发射光谱仪、液质联用仪、气质联用仪、液相色谱仪、氨基酸分析仪、傅立叶变换红外光谱仪、细胞代谢呼吸动态分析仪、流式细胞仪、激光共聚焦、步入式植物生长箱等仪器设备，总价值1.12亿元。实验室建有GIS与遥感应用室、物质循环室、动物养殖环境室、作物分子生态室等专业实验室，并与研究所桃源站、环江站、洞庭湖站和长沙站四个野外实验台站（其中桃源站、环江站为国家站和CERN站，洞庭湖站为CERN站，长沙站被中科院优先推荐为国家站，并成为中科院院级站）和亚热带生态数据中心紧密合作，形成了完整系统的研究支撑体系。实验室所有设备实行室内外开放共享，大型仪器纳入中科院仪器共享管理网络系统、湖南省科研设施和科研仪器开放共享服务平台，所有用户均可在线预约使用。

　　重点实验室近5年先后实验室共承担各类科研任务536项，到位总经费3.97亿元：其中国家重点研发计划项目、国家“973”项目、科技支撑计划项目、国家基金重大科研仪器项目和重点项目、国际合作项目等国家级项目227项；中国科学院战略性先导专项、中科院前沿科学重点项目、中科院STS重点/区域重点项目和中国科学院相关人才计划项目等院级项目107项；湖南省/广西区科技重大专项、重点研发计划、基金创新群体等地方重大项目，以及大中型企业委托研发等横向项目203项。

　　近5年重点实验室取得了一批对区域农业发展与生态环境建设有重大贡献的研究成果。先后获国家自然科学奖二等奖1项，国家中国科学院科技促进发展奖2项，湖南省自然科学奖一等奖1项、二等奖2项，湖南省技术发明奖一等奖1项，中国水土保持学会科学技术奖一等奖1项。发表论文966篇，其中SCI收录671篇，主编或参编专著9部，授权专利86项（含国际专利3项，实用新型专利3项，软件著作权2项），获湖南省审定的水稻品种5个，玉米品种1个（中科玉919），研制改装实验设备/系统等8台/套。

　　实验室实行了“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，通过举办论坛、学术研讨会，互访、出国进修和培训等各种活动加强与国内外学者的交流和深入合作。先后与澳大利亚西澳大学、詹姆斯?库克大学、美国加利福尼亚大学大学河滨分校、佛罗里达大学、德州农工大学、堪萨斯州立大学、英国班戈大学、阿伯丁大学、德国哥廷根大学、法国国家农业科学研究、加拿大圭尔夫大学、曼尼托巴大学、贝塔大学、日本国立环境研究所等学术机构开展合作研究。实验室每年发布开放课题指南，围绕实验室主要研究方向选择支持对象。2015-2019年执行39项，总经费204万元，目前在研15项。