实验室立足亚热带区域，针对经济-社会可持续发展需求，面向资源生态环境、生命与健康（现代农业）领域科技发展前沿，围绕农田生态系统过程、农牧复合家畜健康养殖、农业生态系统功能及其调控开展研究，具体设立亚热带农田生态系统过程、亚热带农牧复合生态系统过程和亚热带农业生态系统功能及其调控机理3个研究方向。

　　方向一 亚热带农田生态系统过程

　　研究亚热带土壤-作物生态系统水和碳氮磷等关键要素的关键转化过程；土壤碳氮磷积累机制与生态环境效应以及主要重金属元素污染农田的安全利用技术。

　　方向二 亚热带农牧复合生态系统过程

　　研究亚热带地区非常规饲料资源高效利用，关键营养素的消化、代谢和转化规律，优质家畜产品形成与调控机制；研发养殖污染物源头减控技术，构建亚热带典型区域农牧复合多元化可持续发展范式。

　　方向三 亚热带农业生态系统功能及其调控

　　研究亚热带农业生态系统格局与功能演变规律，构建喀斯特低山区、红壤丘陵区、平原湖区等亚热带区域典型农业生态系统功能调控与结构优化模式。