实验室在运行管理方面，坚持“联合、竞争、开放”的有效运行机制，继续执行了已经建立的相关管理办法、规章制度，如《中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室专项经费管理办法》、《中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室成果奖励办法》、《中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室开放基金申请及管理办法》等，保证了实验室的高效、有序、快速运行。