中国科学院亚热带农业生态研究所（以下简称“亚热带生态所”）创建于1978年，其前身为中国科学院长沙农业现代化研究所，2003年10月改为现名。

亚热带生态所主要学科方向为亚热带复合农业生态系统生态学，研究所下设区域生态与农业发展研究中心、流域农业与生态环境研究中心、畜禽健康养殖与农牧复合生态研究中心、作物分子生态研究中心，建有桃源农业生态系统观测研究站（国家级）、环江喀斯特生态系统观测研究站（国家级）、洞庭湖湿地生态系统观测研究站（国家级）和长沙农业环境观测研究站（院级）。拥有饲草种质高效设计与利用全国重点实验室（共建）、畜禽养殖污染控制与资源化技术国家工程实验室及其他院省级实验平台6个。　　

截至2025年1月，有在册职工206人，其中科研人员151人、支撑人员36人、管理人员19人。人才队伍中，现有中国工程院院士1人、国家“杰青”1人、国家“优青”2人（含海外项目1人）、国家高层次人选1人、国家人才计划6人、全国优秀科技工作者1人、何梁何利奖获得者1人、国家“创新人才推进计划”重点领域创新团队2个、享受国务院政府特殊津贴专家11人。中国科学院人才引进计划入选者11名 、院创新交叉团队2个，“西部之光”入选者26人，院青促会会员20人（优秀会员6人）。省科技领军人才5人、省人才计划5人 、省杰青16人、省优青4人、湖湘青年英才6人、省“三尖”创新人才工程20人、省光召科技奖1人，省政府特殊津贴2人。中国科协青年人才托举工程项目入选者2人、国家博士后创新人才支持计划入选者1人。

现拥有生态学专业学科博士后流动站在站博士后50余人。拥有生态学博士学位授予点，生态学、畜牧学以及环境工程学硕士学位授予点，目前在读研究生195人，其中博士研究生94人（含国际生4人），硕士研究生101人。

亚热带生态所是湖南省生态学会、湖南省土壤学会、湖南省动物营养与生态环境学会挂靠单位，主办有《农业现代化研究》期刊。