爪哇稻主要分布于马来半岛、印度尼西亚、菲律宾等地的热带山区。国外研究爪哇稻的报道不多，我国系统引进和研究爪哇稻很少。但随着亚种间杂交稻研究的深入，爪哇稻在水稻亚种间杂种优势利用中的作用日显重要。
由中国科学院亚热带农业生态研究所肖国樱研究员为首的研究团队和国家杂交水稻工程技术研究中心联合开展的“爪哇稻及其亚种间杂种优势的研究” 项目，首次研究了引进爪哇稻资源在中国的表现和籼爪、粳爪交杂种优势，目前获得如下重要结果：（1）爪哇稻壮秆、大粒、大穗、直链淀粉含量介于籼粳之间、外观品质较好。（2）杂种优势水平为籼爪交>粳爪交>籼籼交。（3）籼爪和粳爪配组品质分别符合籼米和粳米要求。（4）籼爪和粳爪配组能分别满足籼稻区和粳稻区的生态需求。（5）爪哇稻的品质优点正好弥补现有杂交稻的品质弱项。在此基础上，率先提出了利用爪哇稻亚种间杂种优势的技术策略：（1）爪中求质：选用爪哇稻或者籼爪中间型的长粒优质材料，与籼稻配组，培育米质为籼型的亚种间杂交稻；选用爪哇型或粳爪中间型的短粒型材料，与粳稻配组，培育米质为粳型的亚种间杂交稻。（2）生态适应：籼稻区以利用籼爪交杂种优势为主；粳稻区以利用粳爪交杂种优势为主。（3）利用爪哇稻大穗、大粒特点选育重穗型亚种间杂交稻。（4）扩大与结实相关不显著性状的差异来保持遗传距离，选育爪型亲籼系和爪型亲粳系，来解决籼爪、粳爪亚种间杂种结实不稳定和双亲遗传差异减小导致杂种优势降低的问题。
该研究得到中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-EW-N-01)、湖南省杰出青年基金(03JJY1004)、国家科技支撑计划(2007BAD77B03)的资助。该阶段性成果原创性强，对当前杂交水稻超高产育种具有重要指导意义，曾荣获2012年湖南省自然科学二等奖。